Эпидемиология бөлімінің негізгі ғылыми бағыты – Қазақстан Республикасының денсаулық сақтау саласына қатысы бар инфекциялық және паразиттік аурулардың эпидемиологиялық қадағалауын жетілдіру болып табылады. Оған бруцеллез, туберкулез, листериоз, пастереллез, эхинококкоз, бірқатар геморрагиялық қызбалардың, вакцинамен алдын-алатын инфекциялард (полиомиелит, қызылша, қызамық, оның ішінде туа біткен қызамық, дифтерия, менингококк инфекциясы, вирустық гепатит А, В) жатады.
Қазіргі уақытта Вакцинация мектебінің негізінде Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрлігінің гранты бойынша «Медицина қызметкерлері мен халықты білім беру және ақпараттық оқыту, адамның папилломавирустық инфекцияларына қарсы вакцинаның иммунологиялық тиімділігін ерте бағалау әдісі мен дәрілік заттарды әзірлеу және сынау» ғылыми зерттеу жүзеге асырылуда. Ғылыми кеңесші – медицина ғылымдарының докторы, профессор Әміреев С.А., өткізілу мерзімі 2012 – 2014 жж.
1995 жылдан бастап кафедраны қайта құру кезеңінде. профессор С.А.Әміреевтің жетекшілігімен. 6+ докторлық, 20+ магистрлік, 6 + магистрлік диссертация қорғалды.
Кафедраның профессорлары мен доценттерінің жетекшілігімен 8 магистранттың магистрлік диссертациялары орындалады. Соңғы екі жылда 6 магистрант ғылыми жұмысын сәтті қорғады.
Студенттердің ғылыми-зерттеу жұмысы (СҒЗЖ) ретроспективті эпидемиологиялық талдау түрінде, парентеральды гепатит, туберкулез, және т.б. қауіп факторларын бағалау түрінде жүзеге асырылады.