Факультет 1943 жылы Алматы медициналық институты базасында КСРО НКЗ 1943 жылғы 14 мамырдағы № 234 бұйрығы бойынша санитарлық-гигиеналық факультеті болып құрылды. 1964 жылдан 1985 жылға дейін Қарағанды медицина институтының құрамында болды. 1985 жылдан бастап Алматы қаласының медицина университетінің құрамына енді. 2004 жылы факультет Ғылыми Кеңесінің шешімімен (12.10.2004 ж. № 2 хаттама) «Гигиена және эпидемиология» мамандығының атауын «Медициналық-профилактикалық іс» деп өзгерту негізінде факультет медициналық-профилактикалық факультет болып өзгертілді. 2013 жылдың қыркүйек айынан бастап қоғамдық денсаулық сақтау факультеті болып қайта құрылды.