Основным научным направлением кафедры эпидемиологии является совершенствование эпидемиологического надзора за инфекционными и паразитарными болезнями, актуальными для здравоохранения РК. Это проблемы бруцеллеза, туберкулеза, листериоза, пастереллеза, эхинококкоза, ряда геморрагических лихорадок, вакциноуправляемых инфекций (полиомиелита, кори, краснухи, в.т.ч. врожденной краснухи, дифтерии, менингококковой инфекции, вирусных гепатитов А, В).Под руководством профессоров и доцентов кафедры выполняются магистерские и докторские диссертации.Научно-исследовательская работа студентов (НИРС) проводится в форме выполнения ретроспективного эпидемиологического анализа, оценки факторов риска заболевания парентеральными гепатитами, туберкулезом, ИСМП и др.
По научно-исследовательскому направлению в кафедре были проведены следующие мероприятия:
1. «Серо-эпидемиологическое исследование COVID-19 среди студентов и преподавателей медицинских вузов РК», 2021г.
2. Описательное крос-секционное исследование на знание, отношение и практика в отношении COVID-19 среди населения РК, 2021 г.