Факультет образован в 1943г. на базе Алматинского медицинского института как санитарно-гигиенический факультет по приказу НКЗ СССР № 234 от 14 мая 1943 года. С 1964 по 1985г. был в составе Карагандинского медицинского института. С 1985 года вновь вошёл в состав медицинского университета г. Алматы. В 2004 г. решением Ученого Совета факультета (протокол № 2 от 12.10.2004 г.) на основании переименования специальности «гигиена и эпидемиология» на «медико-профилактическое дело» факультет переименован в медико-профилактический факультет. С сентября 2013 г. преобразован в факультет Общественного здравоохранения.