С открытием медицинского института осуществлялось и военно-медицинское обучение студентов для подготовки офицеров медицинской службы запаса.
В январе 1938 года была создана военная кафедра (Постановление СНК СССР от 10 ноября 1937г. и ВК ВШ от 2 февраля 1938г.). Преподавались санитарно – химическая оборона и санитарная тактика.
С 16 февраля 1939 года было организовано преподавание отдельных военно-медицинских дисциплин на смежных кафедрах института. При кафедре госпитальной хирургии был организован кабинет военно-полевой хирургии. Преподавание токсикологии отравляющих веществ велось на кафедре фармакологии как самостоятельный курс.
Дальнейшее своё развитие кафедра получает в военное и послевоенное время. С 1944 года оснащение кафедры пополнилось комплектно-табельным медицинским имуществом полка. Кафедра размещалась в 5 комнатах во 2-ом корпусе.
Сотрудники военной кафедры вели оборонно-массовую и спортивную работу в институте. Военная кафедра в годы войны также принимала участие в работе ОСОВИАХИМа, позднее ДОСААФ. На кафедре постоянно велась научно-исследовательская работа оборонного значения.
С момента создания военная кафедра подготовила более 47000 офицеров медицинской службы запаса. Основной задачей кафедры является подготовка офицеров медицинской службы запаса для Вооружённых Сил Республики Казахстан.
Многие выпускники института стали военными врачами, занимали ответственные посты в ВС СССР (генерал-полковник медицинской службы, профессор Гайдар Б.В. — начальник Военно-медицинской академии, генерал-майор медицинской службы Добриков Э.В. – начальник медицинской службы Южной группы войск, профессор Полумисков Ю.М. – начальник кафедры военно – медицинского факультета при ЦОЛИУВ).
Выпускники военной кафедры нашего университета проходили службу в рядах ВС РК на руководящих должностях. Среди них генерал-майор медицинской службы Нурмагамбетов Т.С. — первый начальник Военно-медицинского управления МО РК, полковник медицинской службы Дубинин С.Н. – первый главный провизор МО РК, полковник медицинской службы Высочин А.С. – первый главный хирург МО РК.
Первым начальником военной кафедры был военный врач 3-го ранга, доцент Виталий Васильевич Чудинов.
Затем кафедрой руководили:
— полковник м/с, профессор Рабинович Л.А. (1945-1949 гг.)
— полковник м/с Князев И.П. (1949 – 1956 гг. )
— полковник м/с Жарылкапов С.Ж. (1956-1957 гг.)
— полковник м/с, к.м.н. Беляков А.А. (1957 – 1963 гг. )
— полковник м/с Абенов К.А. (1963-1976 гг.)
— полковник м/с Еремьянц А.М. (1976-1983 гг.)
— полковник м/с Емельянов Ю.Г. (1983-1994 гг.)
— полковник м/с Казбагаров Р.К. (1994- 2004 гг.)
— полковник м/с Абдымомунов К.А. , (2004 -2011гг.)
—подполковник м/с Жарымбетов К.Б. (2010-04.2012г. временно исполнял обязанности начальника кафедры).
— полковник м/с, к.м.н. Исабаев Ж.Т. – с 04.2012г. по настоящее время.
Многие выпускники университета, получившие военно-медицинскую подготовку в стенах кафедры, выполняют свой профессиональный и воинский долг в качестве врачей Вооружённых Сил Республики Казахстан. Среди них: полковник м/с Ошакбаев Т.Ж., полковник м/с Калкаева Н.Б., подполковник м/с Васецкий А.Н., полковник м/с Сыбанбекулы Н., подполковник м/с Калдашов С.М., и др.
В настоящее время на военной кафедре университета, руководимой полковником медицинской службы запаса, кандидатом медицинских наук, Исабаевым Ж.Т. передают свой опыт студентам преподаватели кафедры, имея богатый опыт работы в войсках, полковник медицинской службы запаса Дмитриев П.В., полковник в отставке Насыров Н.И., подполковник медицинской службы запаса Лесбаев А.Т., подполковник медицинской службы в отставке Исаков И.М.
Вместе с ними работают специалисты высшего уровня: прапорщик запаса Тынсызбаева С.М., — проходила службу в ВКГ МО РК, Ховрич Н.А.
Кафедра готовит военных врачей по следующим военно-учётным специальностям:
— лечебное дело в наземных войсках;
— фармация.
На кафедре оборудованы специализированные классы: для проведения обще военной подготовки; организации и тактики медицинской службы; военной токсикологии радиобиологии и медицинской защиты от оружия массового поражения; организации обеспечения войск медицинским имуществом и техникой. Военно-полевая хирургия, военно-полевая терапия, военная гигиена и военная эпидемиология, проводится на базе клинических кафедр университета, Военного клинического госпиталя Министерства обороны Республики Казахстан и в/ч 64615 (Санитарно-эпидемиологический центр Министерства обороны Республики Казахстан).
Отбор студентов для обучения на военной кафедре проводится во исполнение приказа Министра обороны Республики Казахстан № 219 от 05.04.2019г. «О внесении изменения в приказ Министра обороны Республики Казахстан от 24.07.2017г. № 375 «Об утверждении Правил военной подготовки по программе офицеров запаса» на основе конкурса ежегодно в период с 1 по 20 августа отбора в соответствии с планом набора, утверждаемых Министром обороны Республики Казахстан.