Медициналық институттың ашылуымен запастағы медициналық қызметтің офицерлерін даярлау үшін студенттерді әскери-медициналық оқыту жүзеге асырылды.
1938 жылдың қаңтарында әскери кафедра құрылды (1937 жылдың 10 қарашасындағы СССР СНК және 1938 жылдың 2 ақпанындағы ВК ВМ Қаулысы). Санитарлық – химиялық қорғаныс және санитарлық тактика оқытылды.
1939 жылдың 16 ақпанынан бастап институттың аралас кафедраларында жеке әскери-медициналық пәндерді оқыту ұйымдастырылды. Госпитальдық хирургия кафедрасында әскери-далалық хирургия кабинеті ұйымдастырылды. Уландырғыш заттардың токсикологиясын оқыту фармакология кафедрасында өзіндік курс ретінде жүргізілді.
Кафедра одан әрі әскери және соғыстан кейінгі уақытта өз дамуын алады. 1944 жылдан бастап кафедраны жабдықтау полктің жиынтық-табельдік медициналық мүлкімен толықтырылды. Кафедра 2-корпуста 5 бөлмеде орналасқан.
Әскери кафедра қызметкерлері институтта қорғаныс-бұқаралық және спорттық жұмыстарды жүргізді. Соғыс жылдарында әскери кафедра ОСОВИАХИМ жұмысына, кейінірек ДОСААФ қатысты. Кафедрада қорғаныстық маңызы бар ғылыми-зерттеу жұмыстары тұрақты түрде жүргізілді.
Әскери кафедра құрылған сәттен бастап 47000-нан астам запастағы медицина қызметінің офицерін дайындады. Кафедраның негізгі міндеті Қазақстан Республикасының Қарулы Күштері үшін запастағы медициналық қызмет офицерлерін даярлау болып табылады.
Институттың көптеген түлектері әскери дәрігер болды, КСРО ҚК-де жауапты қызметтерді атқарды (медицина қызметінің генерал-полковнигі, профессор Б. В. Гайдар-Әскери-медицина академиясының бастығы, медицина қызметінің генерал-майоры Э. В. Добриков – әскерлердің Оңтүстік тобының медициналық қызметінің бастығы, профессор Ю. М. Полумисков – ОБӨО жанындағы әскери – медицина факультетінің кафедра бастығы).
Біздің университеттің әскери кафедрасының түлектері ҚР ҚК қатарында басшылық лауазымдарда қызмет атқарды. Олардың ішінде медицина қызметінің генерал-майоры Т. С. Нұрмағамбетов — ҚР ҚМ Әскери-медициналық басқармасының бірінші бастығы, медицина қызметінің полковнигі С. Н. Дубинин – ҚР ҚМ бірінші бас провизоры, медицина қызметінің полковнигі А. С. Высочин – ҚР ҚМ бірінші бас хирургі.
Әскери кафедраның бірінші бастығы 3-ші дәрежелі әскери дәрігер, доцент Виталий Васильевич Чудинов болды.
Содан кейін кафедраны басқарды:
– м/с полковнигі, профессор Рабинович Л. А. (1945-1949 жж .)
– полковник И. П. Князев (1949-1956 жж. )
– м/с полковнигі Жарылқапов С. Ж. (1956-1957 жж.)
– м/с полковнигі, м. ғ. к. Беляков А. А. (1957 – 1963 жж. )
– м/с полковнигі Абенов К. А. (1963-1976 жж.)
– м/с полковнигі Еремьянц А. М. (1976-1983 жж.)
– м/с полковнигі Емельянов Ю. Г. (1983-1994 жж.)
– м/с полковнигі Казбагаров Р. К. (1994-2004 жж.)
– м/с полковнигі Абдымомунов К. А., (2004-2011жж.)
– м/с подполковнигі Қ. Б. Жарымбетов (2010-04.2012 ж.уақытша кафедра бастығының міндетін атқарды).
– м/с полковнигі, м. ғ. к. Исабаев Ж. Т.-04.2012 ж. бастап қазіргі уақытқа дейін.
Кафедра қабырғасында әскери-медициналық дайындық алған университеттің көптеген түлектері Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің дәрігерлері ретінде өздерінің кәсіби және әскери борышын орындайды. Олардың ішінде: м/с полковнигі Ошақбаев Т. Ж., м/с полковнигі Калкаева Н. Б., м/с подполковнигі Васецкий А. Н., м/с полковнигі Сыбанбекулы Н., м/с подполковнигі Калдашов С.М., және т.б.
Қазіргі уақытта университеттің әскери кафедрасында, запастағы медициналық қызмет полковнигі, медицина ғылымдарының кандидаты, Ж. Т. Исабаев өз тәжірибесін әскери қызметте мол тәжірибесі бар кафедра оқытушылары, запастағы медицина қызметінің полковнигі П. В. Дмитриев, отставкадағы полковник Н. И. Насыров, запастағы медицина қызметінің подполковнигі А. Т. Лесбаев, отставкадағы медицина қызметінің подполковнигі И. М. Исаков студенттерге береді.
Олармен бірге жоғары деңгейдегі мамандар жұмыс істейді: запастағы прапорщик С. М. Тынсызбаева, – ҚР ҚМ ӘКГ, Н. А. Ховрич.
Кафедра әскери дәрігерлерді келесі әскери-есептік мамандықтар бойынша дайындайды:
– жерүсті әскерлеріндегі емдеу ісі;
– фармация.
Кафедрада арнайы сыныптар жабдықталған: жалпы әскери дайындық; медициналық қызметті ұйымдастыру және тактикасы; әскери токсикология, радиология және жаппай қырып-жоятын қарудан медициналық қорғау; әскерлерді медициналық мүлікпен және техникамен қамтамасыз етуді ұйымдастыру. Әскери-далалық хирургия, әскери-далалық терапия, әскери гигиена және әскери эпидемиология университеттің клиникалық кафедралары, Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрлігінің әскери клиникалық госпиталі базасында және 64615 ә/б (Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрлігінің санитарлық-эпидемиологиялық орталығы) жүргізіледі.
Запастағы офицерлер бағдарламасы бойынша әскери даярлық қағидаларын бекіту туралы “Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрінің 24.07.2017 ж. № 375 бұйрығына өзгеріс енгізу туралы” Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрінің 05.04.2019 ж. № 219 бұйрығы негізінде әскери кафедрада оқу үшін студенттерді іріктеу Қазақстан Республикасының Қорғаныс министрі бекіткен қабылдау жоспарына сәйкес жыл сайын 1-20 тамыз аралығында конкурс негізінде жүргізіледі.